2.靛基质、尿素酶和氰化钾生长试验
如果初步判断符合可疑沙门氏菌属的生化结果时，挑取纯化好的可疑菌落，再继续做靛基质、尿素酶和氰化钾生长试验，这三步试验也可与三糖铁琼脂、赖氨酸脱羧酶试验同时做，36℃±1℃培养16h-24h，必要时可延长培养至48h，纯化后的营养琼脂平板储存于2℃-5℃或室温至少保留24h，以便进行后续的生化试验和必要时复查。
2.1靛基质试验
将纯化后的可疑菌株接种至蛋白胨水中，36℃±1℃培养18h-24h，培养后沿管壁缓慢的加入柯凡克试剂或欧-波试剂，若此可疑菌株可分解蛋白胨中的色氨酸生成吲哚，吲哚与靛基质试剂中的对二甲氨基苯甲醛反应生成红色的玫瑰吲哚，为阳性；若不分解色氨酸则仍是黄色，为阴性。
2.2尿素酶试验
某些细菌产生的尿素酶分解尿素可产生大量的碱性物质-氨，使培养基pH值升高，指示剂酚红变成红色，为阳性；
在试验操作时，应待灭菌后的尿素琼脂基础冷却至55℃时，再每95mL基础中加入5mL 40%尿素水，防止基础温度过高使尿素水分解，充分混匀后分装试管，制成斜面。
2.3氰化钾试验
该试验的目的是为了鉴别细菌能否被一定浓度的氰化钾抑制而导致细菌不生长；若试验管生长浑浊为阳性，不生长且澄清的为阴性。
注意 在进行试验操作时，应将同一株可疑菌同时接种氰化钾对照管和试验管各一支；
氰化钾试验操作时易失败的主要原因：
在氰化钾对照管和试验管接种可疑菌株后，应使用无菌的液体石蜡覆盖液面，若不覆盖，氰化钾会逐渐分解，产生氢氰酸气体逸出，以致氰化钾浓度降低，细菌生长，造成假阳性的结果。
氰化钾为剧毒物质，可抑制呼吸酶，造成细胞内窒息，吸入、口服或经皮肤吸收均可引起急性中毒，在操作该试验时应做好个人防护，避免接触、入口或吸入。
废弃处理 试验结果观察结束后，在每管中加入0.5mL的40%氢氧化钾溶液和数粒硫酸亚铁，反应数小时后，建议121℃高压灭菌30min，废弃。
2.4生化结果鉴定
根据以上的试验结果，查询表3对沙门氏菌属进行初步鉴定：
反应序号A1：
当试验结果符合A1时，为沙门氏菌属的典型反应，生化结果可初步判定为沙门氏菌；
若此表格中，有1项不符合时，再参考表4中的“判定结果”再进行血清或生化的验证试验；
若有2项结果不符合时，判定为非沙门氏菌。
表4判定结果解读：
反应序号A2：
当试验结果符合A2时，需要再做甘露醇和山梨醇两项试验，若补做的甘露醇和山梨醇均为阳性结果时，继续做血清学鉴定试验，结合血清学的试验结果进行判定；
反应序号A3：
当试验结果符合A3时，需补做ONPG试验；
若赖氨酸脱羧酶为阳性，ONPG为阴性时生化结果初步判定为沙门氏菌；
若赖氨酸脱羧酶和ONPG的结果均为阴性时，生化结果初步判定为甲型副伤寒沙门氏菌。
以上部分为单独做每项生化的操作和结果判读，但是操作较繁琐易出错，建议使用DBI-05沙门氏菌的生化鉴定试剂盒操作，参考说明书，流程简单几步完成，结果易观察，减少出错率。
具体操作如下：
操作时的注意事项
1. DBI沙门氏菌生化鉴定试剂盒操作用的菌株，应使用纯化培养18-24h的新鲜菌株；
2. 一定要在试剂盒的长凹槽中加无菌水或无菌生理盐水，防止培养过程中菌悬液干燥，影响结果观察；
3. 调整0.5麦氏浊度菌悬液时，应少量多次的加菌，同时与标准0.5麦氏浊度比浊管对光比较；标准0.5麦氏浊度比浊管一定要先摇匀再比较，是因为标准0.5麦氏浊度比浊管中物质易沉淀，不摇匀则配置的菌悬液浓度不正确；
4. 其他的操作参考DBI-05沙门氏菌生化鉴定试剂盒说明书。
结果判定：需结合说明书上的结果判定表和GB4789.4-2016进行结果判定，具体判定方法参考文章上半部分。
血清学鉴定
血清学鉴定试验是必做的项目，血清学分型为选做项目可根据各自实验室的需求选择。
实验室应配备沙门氏菌多价菌体（O）和多价鞭毛（H）诊断血清。
1. 沙门氏菌属的抗原结构简介
O抗原：也称为菌体抗原，是细胞壁的组成成分，Ｏ抗原与抗血清的反应呈颗粒状；
H抗原：也称为鞭毛抗原，不同细菌的Ｈ抗原具有特异性，常作为血清学鉴定的依据之一；Ｈ抗原与抗血清的反应呈絮状或绒状，大部分沙门氏菌Ｈ抗原都有两相，第一相被称为特异性相，第二相为非特异性相；
Vi抗原：是一种特殊的菌体抗原，属于K抗原群，如伤寒沙门氏菌、丙型副伤寒沙门氏菌和都柏林沙门氏菌都含有Vi抗原。
2. 培养物自凝性的检查
在一块洁净的玻片上滴加一滴生理盐水，挑取琼脂量为1.2%-1.5%的培养基平板上纯化的菌株，混合于生理盐水滴中，混匀，成为均一性的混浊悬液，将玻片轻轻混动30s-60s，置于黑色背景下观察凝集情况，若出现可见的菌体凝集，则认为有自凝性，说明该菌株发生S-R变异，失去了O抗原成为粗糙型，不能进行血清学鉴定试验；反之无自凝性，若无自凝性则继续做后续的血清学试验。
注意 在做血清学鉴定试验中，菌株建议使用纯化培养18-24h的新鲜菌株；
菌株纯化时，建议使用营养琼脂培养基，尽量不用平板计数琼脂，是因为平板计数琼脂配方中含有糖类，糖类会干扰血清学的鉴定；营养琼脂培养基的琼脂量在1.2%-1.5%之间。
3. O多价菌体抗原的鉴定
在洁净的玻片的一边滴加一滴生理盐水作为对照，另一边滴加一滴O多价血清；
自营养琼脂平板挑取1环纯化后的待测菌，在生理盐水滴和多价菌体（O）抗血清滴上方各放1/2环待测菌，再用无菌的接种环分别将两个区域内的菌苔研磨成乳液状，将玻片轻轻混动1min，置于黑色背景下观察，任何程度的凝集现象皆为阳性反应。
注意 研磨菌株时应先研磨生理盐水区域，再研磨O多价血清区域；若先研磨O多价血清区域，再研磨生理盐水区域，有可能会把O多价血清带入到生理盐水区域，造成误判。
若O多价不凝集时就判定为非沙门氏菌吗？
此时需要考虑是否因为荚膜的原因而导致的O多价不凝集，分为以下两步进行排除：
I. 将菌株接种在琼脂量较高（2%-3%）的培养基上，培养后，再进行O多价凝集试验，这里说的高琼脂量的培养基，可以在实验室中，按每100mL营养琼脂培养基（脱水干粉培养基）中加入1g的琼脂，再高压灭菌，倒平板备用。
在较高琼脂量的培养基上再纯化的原因：因为菌株在琼脂量较高的培养基上荚膜发育不良，可以暴漏出O抗原，有利于检测是否有菌体抗原存在；
II. 若是因为有Vi抗原存在而阻止O凝集反应时，可多挑取纯化后的待测菌株置于1mL生理盐水中制成浓菌液，煮沸，破坏荚膜的多糖和抗原，暴露O抗原，需要待菌液冷却后再进行O多价血清的鉴定。
4. H多价鞭毛抗原的鉴定
操作与O多价鉴定步骤相同；
但H抗原发育不良时，H多价血清也会不凝集，此时需要将菌株接种琼脂量更低（0.55%-0.65%）的半固体琼脂平板中央，培养后，菌株蔓延生长至平板的边缘时，取最边缘的菌株进行H多价血清凝集试验；
注意 若培养后菌株未蔓延生长，则需要再次转种半固体琼脂培养基，直至蔓延生长；
为什么H多价血清鉴定需要琼脂量更低的半固体琼脂平板？
因为H多价血清的鉴定需要菌株的鞭毛发育良好，而培养基的琼脂量更低时，含有的水分就越多，越有利于菌株鞭毛的发育和爬行。
促进鞭毛发育的另一种方法是将菌株通过接种装有0.3%-0.4%半固体琼脂的小玻管1-2次，自远端取菌培养后再检查，该方法操作较复杂。
结果与报告
综合以上生化试验和血清学鉴定的结果，报告25g（mL）样品中检出或未检出沙门氏菌。
注意 报告结果不能只参考生化试验或血清学鉴定的结果，而应该综合考虑生化和血清学两项的共同结果来判断。