在我们食品微生物检测过程中，除了我们知道要检测的目标微生物之外，往往会出现一些和目标微生物表现不一，但你又想知道它是什么菌属的情况，特别是对于一些生产企业，有时候往往会怀疑是否是因为这个 “非目标菌”的存在，从而影响到了产品质量。

那怎么去鉴定那些“非目标”微生物呢？又有哪些方法和手段可以采用呢？

下面就跟随小王，来了解下我们食品微生物检测中常用的一些鉴定手段！

传统的细菌系统分类，也就是常说的鉴定，通常是通过纯培养分离后从形态学、生理生化反应特征以及免疫学特性（血清学分析）进行鉴定。这也是我们目前国标中最常用的鉴定手段，这种方法的优点就是所用试剂简单易得，常规实验室即可展开，经济实用，缺点呢，就是鉴定所需时间较长，且容易判断不准确。

用这种方法，要先进行革兰氏染色，从镜检分析其可能的微生物种属，再根据判断结果，按照《伯杰氏手册》上的生化项目进行实验，最终确定其可能的微生物种属。比如，镜检是革兰氏阳性杆菌，且周围或菌体顶端有芽孢产生，这时候我们就要往芽孢杆菌的方向去进行生理生化鉴定。

全自动微生物鉴定系统，比如我们常见的VITEK、Biolog等，其原理也是依据微生物的生理生化特性，有所区别的就是它采用了大量的微生物种属去进行建库，利用统计学的一些手段，对未知的微生物进行打分，确定其相关种属。通常可鉴定包括需氧细菌、厌氧细菌、酵母菌和丝状真菌在内的2000余种微生物，几乎涵盖了微生物学不同领域中比较重要的菌种，所涉及领域包括制药、生物技术、化妆品、兽医和临床医学、农业和环境科学、食品加工和安全，也可应用于微生物代谢、特性和群落等的分析研究。

飞行时间质谱，也就是我们常叫的飞行质谱，其原理是利用基质辅助激光解析电离方法得到待测样品分子离子，通过测得待测微生物的肽质量指纹圈谱（PMF)，并将其与数据库中的微生物标准指纹图谱进行匹配检索，从而完成鉴定（可鉴定至种或属）。该仪器适用于绝大多数的微生物鉴定，可同时鉴定细菌及真菌，相对于传统方法，具有更加快速准确、高通量检测、操作简单、成本低（鉴定数量大的情况）的优势。

飞行时间质谱，也就是我们常说的飞行质谱，其原理是利用基质辅助激光解析电离方法得到待测样品分子离子，通过测得待测微生物的肽质量指纹图谱（PMF)，并将其与数据库中的微生物标准指纹图谱进行匹配检索，从而完成鉴定（可鉴定至种或属）。该仪器适用于绝大多数的微生物鉴定，可同时鉴定细菌及真菌，相对于传统方法，具有更加快速准确、高通量检测、操作简单、成本低（鉴定数量大的情况）的优势。

对于已知鉴定目标的项目，可以采用商业化的试剂盒来进行操作，不管是普通PCR还是荧光PCR都可以，根据自己的需要采用合适的就可以。因为大多数的目标基因序列都已公开，且在一些官方机构或标准文献中给出了相应的引物序列及探针，因此大家可以放心使用。

而对于一些未知的、你又想知道是什么种属的微生物，就要采用另外的手段来进行了，比如我们常听说的16s rRNA鉴定。

60年代末 , Woese CR开始采用寡核苷酸编目法对生物进行分类，依据16s rRNA序列绘制进化树，将地球上的细胞生物分为了三个域，即古生菌、细菌和真核生物。而所谓的16s rRNA就是指核糖体RNA，因为其功能同源且最为古老、既含保守序列又有可变序列、大小最适合做进化分析，所以一般细菌鉴定用其作为分析对象。目前各大研究所、院校及疾控等有实力的实验室都有开展16s rRNA鉴定未知微生物的实验。

具体方法为：提取目标菌的全基因组DNA，使用通用引物对其进行扩增，将扩增好的16s rRNA的DNA序列连接到特定的质粒载体上进行测序，然后以16s rRNA数据库中的序列进行比对，进而确认其种属。

该方法鉴定指标单一明确，就是以16s rRNA为基准，因此准确性高，可鉴定种属庞大，但也有极个别不太适用的种属，比如乳酸菌属。

看完了这些，相信各位看家应该对微生物鉴定这块有了一个大致的了解，后续想知道更详细的关于微生物方面的知识，还请继续关注北京陆桥！

参考文献：

R.E.布坎南,N.E.吉本斯等.伯杰细菌鉴定手册(第八版)[M].北京:科学出版社,1984.

程池,杨梅,李金霞,等.Biolog微生物自动分析系统-细菌鉴定操作规程的研究[J].食品与发酵工业,2006,23(5):50～54

周煜. 16S rRNA序列分析法在医学微生物鉴定中的应用[J]. 生物技术通讯, 1999(04):297-305.